Las orquídeas son una de las familias más diversas y fascinantes del reino vegetal. Con más de 26,410 especies y una amplia variedad de formas, colores y olores y especies. Tienen una reputación de ser plantas difíciles de cultivar, lo que les ha contribuido a su atractivo y estatus como plantas muy apreciadas.
Para entender mejor el mundo de las orquídeas, es importante estudiar las investigaciones y conocimientos científicos que sustentan el estudio de estas plantas. En este trabajo se presentan diversas estadisticas en su distribución a lo largo del territorio y ubicadas en las áreas de conservación.
Esta informacion fue obtenida del sitio oficial de Áreas de conservación de Costa Rica en Web Feature Service (WFS) publicado por el Sistema Nacional de Áreas de Conservación (Sinac) y el Registros de presencia de orquídeas de Costa Rica obtenidos a través de una consulta al portal de datos de GBIF
# Carga de paqueteslibrary(tidyverse)library(DT)library(sf)library(rgdal)library(raster)library(terra)library(leaflet)library(leaflet.extras)library(leafem)library(viridisLite)library(plotly)library(dplyr)library(ggplot2)library(ggthemes)library(readr)
Carga de datos
Código
# Carga de datos de Orquídeasorquideas <-st_read("orquideas.csv",options =c("X_POSSIBLE_NAMES=decimalLongitude", # columna de longitud decimal"Y_POSSIBLE_NAMES=decimalLatitude"# columna de latitud decimal ),quiet =TRUE )# Asignación del CRS WGS84st_crs(orquideas) <-4326# Carga áreaareac <-st_read(dsn ="areaconservacion.geojson",quiet =TRUE ) |>st_transform(4326) # reproyección a WGS84
Uniones para el mapa
1
Código
# Unión espacial de orquideas y el áreaorquideas_union_area <-st_join(x = orquideas,y = dplyr::select(areac, codigo_ac), # selección de columna join = st_within )# Despliegue de los datos unidos de orquídeas y la columna codigoorquideas_union_area |>st_drop_geometry() |> dplyr::select(species, locality, codigo_ac) |>datatable(colnames =c("Especie", "Localidad", "Código del área"),options =list(pageLength =5,language =list(url ='//cdn.datatables.net/plug-ins/1.10.11/i18n/Spanish.json') ) )
2
Código
# Conteo de la cantidad de especies de orquídeas en el area orquideas_area <- orquideas_union_area |>st_drop_geometry() |>group_by(codigo_ac) |>summarize(riqueza_especies_orquideas =n_distinct(species, na.rm =TRUE))# Despliegue de la cantidad de especies de orquídeas en cada áreaorquideas_area |>arrange(desc(riqueza_especies_orquideas)) |>datatable(colnames =c("Código del área", "Riqueza de especies de Orquídeas"),options =list(pageLength =5,language =list(url ='//cdn.datatables.net/plug-ins/1.10.11/i18n/Spanish.json') ) )
3
Código
# Unión (no espacial) del área y riqueza de especies de orquídeasarea_union_riqueza <-left_join(x = areac,y = dplyr::select(orquideas_area, codigo_ac, riqueza_especies_orquideas),by ="codigo_ac" ) |>replace_na(list(riqueza_especies_orquideas =0))# Despliegue de los datos de riqueza de especies en el areaarea_union_riqueza |>st_drop_geometry() |> dplyr::select(nombre_ac, riqueza_especies_orquideas) |>arrange(desc(riqueza_especies_orquideas)) |>datatable(colnames =c("Área", "Riqueza de especies de Orquídeas"),options =list(pageLength =5,language =list(url ='//cdn.datatables.net/plug-ins/1.10.11/i18n/Spanish.json') ) )
Mapa de especies de Orquideas en área de conservación
Código
# Paleta de colores de riqueza de especiescolores_riqueza_especies <-colorNumeric(palette ="Purples",domain = area_union_riqueza$riqueza_especies_orquideas,na.color ="transparent" )# Paleta de colores de especiescolores_especies <-colorFactor(palette =viridis(length(unique(orquideas$species))), domain = orquideas$species)# Mapa leafletleaflet() |>setView(lng =-84.19452,lat =9.572735,zoom =7) |>addTiles(group ="Mapa general (OpenStreetMap)") |>addProviderTiles( providers$Esri.WorldImagery, group ="Imágenes satelitales (ESRI World Imagery)" ) |>addPolygons(data = area_union_riqueza,fillColor =~colores_riqueza_especies(area_union_riqueza$riqueza_especies_orquideas),fillOpacity =0.8,color ="black",stroke =TRUE,weight =1.0,popup =paste(paste("<strong>Cantón:</strong>", area_union_riqueza$nombre_ac),paste("<strong>Riqueza de especies:</strong>", area_union_riqueza$riqueza_especies_orquideas),sep ='<br/>' ),group ="Riqueza de especies" ) |>addScaleBar(position ="bottomleft", options =scaleBarOptions(imperial =FALSE) ) |>addLegend(position ="bottomleft",pal = colores_riqueza_especies,values = area_union_riqueza$riqueza_especies_orquideas,group ="Riqueza de especies",title ="Riqueza de especies de Orquídeas" ) |>addCircleMarkers(data = orquideas,stroke = F,radius =4,fillColor =~colores_especies(orquideas$species),fillOpacity =1.0,popup =paste(paste0("<strong>Especie: </strong>", orquideas$species),paste0("<strong>Localidad: </strong>", orquideas$locality),paste0("<strong>Fecha: </strong>", orquideas$eventDate),paste0("<strong>Fuente: </strong>", orquideas$institutionCode),paste0("<a href='", orquideas$occurrenceID, "'>Más información</a>"),sep ='<br/>' ), group ="Registros de presencia" ) |>addLegend(position ="bottomleft", pal = colores_especies,values = orquideas$species,title ="Especies",group ="Registros de presencia" ) |>addLayersControl(baseGroups =c("Mapa general (OpenStreetMap)", "Imágenes satelitales (ESRI World Imagery)" ),overlayGroups =c("Riqueza de especies","Registros de presencia" ) ) |>addResetMapButton() |>addSearchOSM() |>addMouseCoordinates() |>addFullscreenControl() |>hideGroup("Registros de presencia")